Milano Metropoli, in coerenza con la propria missione, ha sempre attuato un modello di sviluppo locale finalizzato a innovare e rafforzare la governance territoriale, vale a dire, a promuovere il potenziamento della capacità del "sistema territorio" di pensare, progettare ed operare come un attore collettivo verso uno scenario di sviluppo locale condiviso e sostenibile.

In quest'ottica, l'Agenzia propone e sviluppa processi di partecipazione e di coordinamento dei soggetti territoriali (pubblici e privati), e delle relative iniziative, finalizzati a condividere la visione di sviluppo e a promuovere e attuare interventi concreti e coerenti.
I progetti di governance territoriali gestiti da Milano Metropoli riguardano ambiti tematici molto diversi (mobilità sostenibile, cultura, sviluppo economico e industriale, riqualificazione urbana, ecc.) e interessano differenti aree urbane milanesi.
Alcuni dei progetti in corso più significativi:

• Patto Nord Milano (dal 2005)
  Il Patto per il Nord Milano è un accordo di collaborazione intercomunale e con la Provincia di Milano sottoscritto da sette città milanesi per affrontare in modo coordinato, e con una visione sovracomunale, i temi principali del loro sviluppo (cultura, casa, servizi socio -sanitari e ospedalieri, strutture e spazi per le attività produttive, verde, infrastrutture, Expo 2015, ecc.). Nell'ambito del Patto, e coordinati da Milano Metropoli, i sette Comuni del Nord Milano (Bresso, Cinisello Balsamo, Cologno Monzese, Cormano, Cusano Milanino, Paderno Dugnano e Sesto San Giovanni) hanno realizzato il Progetto Strategico e il Piano d'Area e hanno istituto, nel 2008, la Conferenza dei Comuni del Nord Milano. La Conferenza è una sede istituzionale stabile di coordinamento per l'integrazione delle politiche di sviluppo e delle attività di programmazione e pianificazione di funzioni e di servizi per l'intero territorio. (vai alla scheda di approfondimento).
• 4 parchi su due ruote (2008-2009)
  I parchi coinvolti sono il Parco Regionale del Nord Milano (capofila del progetto) e i parchi di interesse sovracomunale (Plis) Media Valle del Lambro, Balossa, e Grugnotorto Villoresi. L'obiettivo del progetto, finanziato dalla Fondazione Cariplo, è quello di promuovere l'uso della bicicletta nel territorio del Nord Milano attraverso lo sviluppo di una rete interconnessa di percorsi di mobilità sostenibile trai quattro parchi e attraverso la localizzazione di bici-stazioni nei pressi di nodi di interscambio con il sistema di trasporto pubblico locale. Il progetto è l'esito delle strategie di sviluppo territoriale volte al miglioramento dell'abitabilità dell'area del Nord Milano, contenute nel Piano d'Area Nord Milano realizzato da Milano Metropoli, il quale ha individuato tra i suoi obiettivi strategici la creazione del Sistema delle Aree Verdi del Nord Milano. Lo studio di fattibilità prevede il coinvolgimento di 9 Comuni milanesi: Bresso, Cinisello Balsamo, Cologno Monzese, Cormano, Cusano Milanino, Paderno Dugnano, Sesto San Giovanni, Novate Milanese e Brugherio.
• Linea Verde (2008-2009)
  Il progetto "La linea verde: ripensare la metropolitana e la ferrovia al servizio del territorio" prevede la riqualificazione urbana e territoriale delle aree prossime a dieci stazioni M2 della metropolitana milanese lungo l'asta del naviglio Martesana. I Comuni coinvolti sono Milano, Vimodrone, Bussero, Cassina de Pecchi, Cernusco sul Naviglio, Gessate e Gorgonzola. Milano Metropoli è stata incaricata del coordinamento degli attori istituzionali e non, coinvolti nell'intervento. Attraverso la costituzione di tavoli di confronto tra gli attori è stato possibile istituire una cabina di regia interistituzionale per definire contenuti, modalità, procedure e tempi per un'ulteriore fase operativa/progettuale. Il progetto, promosso dalla Provincia di Milano, è coordinato dal Centro Studi PIM.